Incinération des déchets et SEQE-UE : qui sera concerné et quand ?

Votre installation d'incinération sera-t-elle soumise au SEQE-UE, le système d'échange de quotas d'émission de l'Union européenne (EU ETS), et à partir de quand ? La réponse se fait en deux temps. Depuis 2024, une obligation de surveillance s'applique déjà. La Commission européenne propose d'y ajouter, à partir de 2031, une obligation de restituer des quotas. Un quota est un droit d'émettre une tonne de CO₂ : chaque année, l'exploitant doit en remettre autant qu'il a émis de tonnes. Cette seconde étape n'est encore qu'une proposition, présentée le 17 juillet 2026 et en discussion au Parlement et au Conseil. Voici ce qui s'applique aujourd'hui, ce qui pourrait s'appliquer ensuite, et les aménagements à surveiller.

Ce qui s'applique déjà aux incinérateurs depuis 2024

Depuis le 1er janvier 2024, les incinérateurs de déchets municipaux de plus de 20 MW mesurent leurs émissions, les déclarent et les font vérifier chaque année. Ils n'ont en revanche aucun quota à restituer.

En France comme dans la plupart des États membres, les incinérateurs de déchets municipaux restent hors du marché carbone. D'autres installations qui brûlent des déchets y sont pourtant déjà soumises : les incinérateurs de déchets d'activités économiques non dangereux, et les installations qui pratiquent la co-incinération, c'est-à-dire qui utilisent des déchets comme combustible sans que ce soit leur activité principale. C'est le cas d'une chaufferie industrielle alimentée en combustibles solides de récupération (CSR), des déchets préparés pour servir de combustible.

Résultat : deux tonnes de plastique brûlées dégagent le même CO₂, mais l'une passe par le marché du carbone et l'autre non. Selon l'exposé des motifs de la proposition, l'incinération des déchets municipaux émet environ 40 millions de tonnes de CO₂ fossile par an dans l'Union.

Ce que propose la Commission européenne pour 2031-2034

Voici ce que contient la proposition de la Commission du 17 juillet 2026 (COM(2026) 616).

Les installations d'incinération concernées

Seraient concernées toutes les installations qui incinèrent ou co-incinèrent des déchets non dangereux, dès lors que leur capacité dépasse 3 tonnes par heure (le seuil de la directive 2010/75/UE sur les émissions industrielles). Resteraient hors du champ les installations qui traitent principalement des déchets dangereux, ainsi que le recyclage chimique (pyrolyse, gazéification), tant que les produits obtenus ne sont pas brûlés ensuite.

Ce critère porte sur l'installation, pas sur le statut de son exploitant. Une régie, un syndicat, une SPL, une SEM ou un exploitant privé sont donc concernés de la même manière dès que le seuil est dépassé.

Une entrée progressive, de 25 % à 100 % des émissions

La part des émissions à couvrir par des quotas augmenterait chaque année. Attention au décalage : les quotas dus pour les émissions d'une année se restituent au plus tard le 30 septembre de l'année suivante (selon le ministère de la Transition écologique).

Ce calendrier est proposé, pas encore adopté. Il ne concernerait que les installations qui entrent dans le système : une installation déjà couverte, comme une chaufferie alimentée en CSR, continuerait de couvrir 100 % de ses émissions.

Les aménagements prévus : dérogation nationale, chaleur des réseaux, outre-mer

La dérogation nationale temporaire. Un État membre pourrait dispenser ses installations de restituer des quotas pour leurs émissions jusqu'en 2035. Il devrait pour cela remplir au moins deux de ces trois conditions :

• disposer d'une taxe carbone nationale sur ces émissions, en vigueur au plus tard le 31 juillet 2029, dont le montant effectivement payé dépasse le prix moyen des quotas ;
• être en bonne voie pour atteindre les objectifs européens de recyclage des déchets municipaux ;
• être en bonne voie pour atteindre l'objectif européen de réduction de la mise en décharge.

La demande devrait être déposée au plus tard le 31 juillet 2029, et la Commission pourrait s'y opposer (article 12 ter de la proposition).

La chaleur des réseaux. Une installation qui livre de la chaleur à un réseau de chauffage urbain pourrait recevoir des quotas gratuits : une partie des quotas dont elle a besoin lui serait attribuée sans qu'elle ait à les acheter. Il y a trois limites. Ces quotas ne concernent que la chaleur, l'électricité n'y ayant plus droit depuis 2013. Ils supposeraient de présenter un plan d'investissement dans la décarbonation. Enfin, ils diminueraient chaque année après 2030, jusqu'à disparaître en 2040.

L'outre-mer. Selon la proposition, chaque État membre pourrait choisir de dispenser de restitution les installations situées dans les régions ultrapériphériques, comme la Martinique ou La Réunion, jusqu'au 31 décembre 2035. Cette dérogation est facultative : elle dépend d'une décision nationale.

Vous exploitez une installation qui brûle des déchets non dangereux ? Échangeons sur ce que la proposition changerait pour elle.

Seul le carbone fossile serait soumis aux quotas

Les déchets brûlés contiennent deux types de carbone. La fraction fossile vient surtout des plastiques, fabriqués à partir de pétrole : ce CO₂ s'ajoute à celui de l'atmosphère. La fraction biogénique vient des déchets alimentaires, du bois, du papier ou du carton : ce carbone a été capté récemment par des végétaux.

Dans le SEQE-UE, les émissions issues de la biomasse comptent pour zéro, sous conditions. Seule la part fossile des émissions de votre installation entrerait donc dans le calcul des quotas à restituer. Plus les déchets reçus contiennent de plastiques, plus cette part est élevée.

Le point de nos experts carbone
Aujourd'hui, la plupart des exploitants français ne mesurent pas leur part biogénique : ils appliquent une valeur forfaitaire de 53,4 %, admise par l'administration (les DREAL). La proposition prévoit des règles de mesure mieux adaptées à l'incinération, notamment pour distinguer biomasse et carbone fossile. La part retenue pour votre installation pourrait donc changer, et avec elle le nombre de quotas à restituer.

Comment estimer le coût pour votre installation

Le principe tient en une formule : tonnes de CO₂ fossile × part soumise × prix du quota.

Prenons une installation fictive qui émettrait 100 000 tonnes de CO₂ fossile par an, et un prix du quota de 80 € la tonne. Ce prix est une valeur ronde choisie pour le calcul, pas une anticipation. À partir des émissions de 2034, la part soumise serait de 100 % : 100 000 × 100 % × 80 € = 8 millions d'euros, avant toute allocation gratuite. Pendant la montée en charge de 2031 à 2033, seule une partie de ces émissions serait à couvrir (voir le tableau). Le prix du quota varie chaque jour sur le marché : le coût réel dépendra du prix au moment des achats.

Si une partie de la chaleur est livrée à un réseau de chauffage urbain, des quotas gratuits réduiraient ce montant, mais de moins en moins chaque année jusqu'en 2040.

Reste la question de qui paie. L'obligation de restitution pèse juridiquement sur l'exploitant de l'installation. Le coût économique, lui, se répartit selon les contrats :

• la clause de révision de prix d'une délégation de service public ou d'un marché d'exploitation ;
• la redevance de traitement versée par les collectivités ;
• le prix de la vapeur vendue à un industriel voisin.

Beaucoup de contrats signés aujourd'hui seront encore en cours en 2031.

Un texte encore en discussion entre Parlement et Conseil

Le texte doit encore être adopté par le Parlement européen et par le Conseil, qui réunit les États membres. Chacun peut le modifier. Le Parlement, le Conseil et la Commission se sont fixé, dans leur feuille de route « Une Europe, un marché » d'avril 2026, l'objectif d'un accord au premier trimestre 2027, sans garantie.

La date a d'ailleurs déjà changé : la directive en vigueur prévoyait d'étudier une intégration dès 2028, avec une dérogation possible jusqu'en 2030 (article 30, paragraphe 7). La Commission a finalement proposé 2031.

Les positions restent éloignées. Le Sénat a adopté le 18 mai 2026 une résolution européenne demandant l'exclusion des unités de valorisation énergétique du SEQE-UE. Elle met en avant leur mission de service public et leur place en aval du recyclage. À l'inverse, des associations de réseaux de chaleur et des représentants du secteur réclament, dans une lettre conjointe du 14 octobre 2026, une obligation complète dès 2031, sans montée en charge ni dérogation nationale.

Quatre idées reçues sur l'incinération des déchets et l'ETS

« Brûler des déchets est neutre en carbone. » Seule la fraction biogénique est comptée à zéro. Le CO₂ issu des plastiques est bien un CO₂ fossile : c'est précisément celui que vise la proposition.

« Une installation qui ne déclare rien aujourd'hui n'est pas concernée. » Pas forcément. L'obligation actuelle repose sur la puissance (plus de 20 MW), la proposition sur la capacité de traitement (plus de 3 tonnes par heure). En France, seules 85 des 116 unités de valorisation énergétique dépassent 20 MW et déclarent aujourd'hui leurs émissions, selon le Sénat. Certaines des autres pourraient donc entrer dans le système.

« Une installation qui bénéficie d'une dérogation n'a plus rien à faire. » Selon la proposition, la dérogation porterait sur la restitution de quotas, pas sur la surveillance et la déclaration. Votre installation devrait continuer à mesurer, déclarer et faire vérifier ses émissions.

« La mise en décharge échappe à tout suivi. » Selon la proposition, les décharges de déchets non dangereux devraient mesurer et déclarer leurs émissions, surtout du méthane, à partir de 2031 (ou de 2034 si les outils de mesure ne sont pas prêts), sans restituer de quotas. La Commission évaluerait d'ici fin 2034 l'intérêt de les intégrer pleinement.

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En résumé

Si votre installation a une capacité supérieure à 3 tonnes par heure de déchets non dangereux, la proposition la ferait entrer dans le SEQE-UE pour ses émissions de 2031, d'abord à hauteur d'un quart, puis en totalité pour celles de 2034. Ce calendrier dépendra du texte adopté, d'un éventuel choix national de dérogation et de la part de chaleur livrée à un réseau. Votre exposition réelle sera déterminée par deux éléments déjà accessibles : la part fossile de vos déchets et les clauses de vos contrats.

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FAQ : incinération des déchets et SEQE-UE

L'incinération des déchets relèvera-t-elle de l'ETS 1 ou de l'ETS 2 ?

De l'ETS 1, le marché qui couvre déjà les centrales et les sites industriels. L'ETS 2, qui sera pleinement opérationnel en 2028, est un marché distinct : il vise les fournisseurs de carburants et de combustibles pour les bâtiments, le transport routier et la petite industrie, pas les installations. La proposition ne le modifie pas.

Les règles de surveillance vont-elles changer pour les incinérateurs ?

Selon la proposition, les règles de mesure et de déclaration des émissions (fixées par le règlement (UE) 2018/2066) seraient revues pour mieux s'adapter à l'incinération des déchets municipaux. D'ici là, les règles actuelles s'appliquent.

Les recettes du SEQE-UE pourront-elles aider les collectivités ?

Les États membres vendent aux enchères une partie des quotas. Selon la proposition, ils pourraient utiliser ces recettes pour aider les collectivités à prévenir, trier et recycler les déchets (article 10, paragraphe 3, de la directive). Ce choix resterait propre à chaque État.

Le captage du CO₂ peut-il réduire la facture ?

Selon la proposition, les projets de captage du CO₂ dans les installations d'incinération pourraient être soutenus par la Banque pour la décarbonation de l'industrie, le Fonds pour l'innovation et le Fonds pour la modernisation.

Que risque une installation qui ne restitue pas assez de quotas ?

Une amende de 100 € par quota non restitué, réévaluée selon l'indice des prix à la consommation harmonisé. Le paiement de l'amende ne libère pas de l'obligation de restituer les quotas manquants.

Par où commencer pour anticiper la réforme ?

Vérifiez d'abord si votre installation a une capacité supérieure à 3 tonnes par heure de déchets non dangereux, puis fiabilisez vos données de tonnages et de composition. Suivez l'avancée du texte et ouvrez tôt la discussion contractuelle avec la collectivité ou l'exploitant. Chaque situation étant propre, l'équipe Homaio peut en échanger avec vous.