Les recettes générées grâce au SEQE sont redistribuées avec un contrôle strict.
De nombreux projets sont candidats au financement par le SEQE, mais seuls les plus efficaces pour décarboner l’industrie européenne sont séléctionnés.
Entre 2013 et 2022, la reglementation européenne exigeait que 50% des fonds soit réinvestis par les Etats Membres dans des projets climatiques. Le taux effectif était de 79.87%. A partir de 2024, c’est 100% des recettes qui sont réinvesties dans des projets climatiques et dans les fonds européens de modernisation, d’innovation, et de soutien social.
Les vérificateurs accrédités du SCEQE garantissent que chaque euro collecté par la vente de quotas d'émission est investi de manière transparente et uniquement à des fins de décarbonation.